[Begets]

アイテムをクラフティングするために、スキルマネージャでProfileSkillsにスキルを順番に
登録しても最初のスキルのみ永遠と使用する。

自己解決されているかもしれませんが、アドバイスします。
これは、1番目に登録したアクションを実行する条件が、常に成立しているからです。
したがって、SkillManagerを思い通りに使うためには、この条件の組み合わせを工夫する必要があります。
まず、普通の日本語で良いので、どのような条件の時に、何のアクションを実行したいのか、紙に書いて整理すると良いかもしれませんよ。

現在、自分の備忘録を兼ねて解説資料を書いています。
出来上がったら公開する予定です。